La communauté d'agglomération est administrée par un conseil composé de délégués élus par les conseils municipaux des communes membres.
Le conseil communautaire de Quimper-communauté est composée de 39 titulaires et 39 suppléants.
Le président
Le président est l'organe exécutif de l'EPCI (établissement public de coopération intercommunale). Il prépare et exécute les délibérations du conseil communautaire, il est l'ordonnateur des dépenses et prescrit l'exécution des recettes.
Il est seul chargé de l'administration, mais il peut déléguer par arrêté, sous sa surveillance et sa responsabilité, l'exercice d'une partie de ses fonctions aux vice-présidents et, en l'absence ou en cas d'empêchement de ces derniers, à d'autres membres du bureau.
Il peut également donner, sous sa surveillance et sa responsabilité, délégation de signature au directeur général des services
Le bureau
Le bureau de la communauté d'agglomération est composé du président, d'un ou plusieurs vice-présidents et éventuellement d'un ou plusieurs autres membres. Le président, les vices-présidents ayant reçu délégation ou le bureau dans son ensemble peuvent recevoir par délibération du conseil communautaire délégation d'une partie des attributions du conseil.
Le bureau de Quimper-communauté est composé du président et de 11 vice-présidents. Comme le bureau municipal, le bureau communautaire est un lieu d'information et d'orientation, il participe au processus d'élaboration de l'ordre du jour du conseil.